Egyéni vizsgálat futtatásakor a McAfee többféle vizsgálati beállítást tesz lehetővé. Egyéni vizsgálat végzésekor a McAfee alapértelmezésben a számítógépen található összes meghajtót és mappát vizsgálja, beleértve a hálózati meghajtókat is. Ugyanakkor lehetőség van a hálózati meghajtók kihagyására és csak a számítógép egyes részeinek, például a kritikus rendszerfájloknak, az asztalnak vagy programfájloknak a vizsgálatára is. Ezt a lehetőséget javasoljuk, ha nem a számítógép egészét, hanem csak meghatározott területeket kíván vizsgálni.
Egyéni vizsgálat használatakor lehetőség van az összes veszélyforrás vagy csak bizonyos veszélyforrások, például vírusok, kémprogramok vagy nyomkövető cookie-k keresésére. Lehetőség van csak a programok és dokumentumok vizsgálatára, ahol a legtöbb vírus megtalálható, azonban javasoljuk az összes fájltípus vizsgálatát. Ennek a lehetőségnek a használatával alapértelmezésben a számítógép minimális számítási teljesítménye igénybevételével végezheti a vizsgálatot, ennek letiltásával pedig megnövelheti az egyéni vizsgálat sebességét.
