La scansione personalizzata di McAfee consente di selezionare diverse opzioni di scansione. Quando si esegue una scansione personalizzata, per impostazione predefinita McAfee effettua il controllo di tutte le unità e cartelle del PC, insieme a tutte le unità di rete. È possibile, tuttavia, escludere le unità di rete ed effettuare la scansione solo di parti del PC, come i file di sistema critici, il desktop e i file di programma. Questa operazione è consigliata quando si desidera effettuare la scansione di aree specifiche invece che di tutte le aree del PC.
La scansione personalizzata consente di verificare tutte le minacce o solo minacce specifiche come virus, spyware e tracking cookie. È inoltre possibile effettuare la scansione solo dei programmi e dei documenti, dove viene rilevata la maggior parte dei virus; si consiglia, tuttavia, di effettuare la scansione di tutti i tipi di file. Per impostazione predefinita, è attiva un'opzione che consente di utilizzare una quantità minima della potenza di elaborazione del PC; tuttavia, è possibile disattivare tale opzione in modo da aumentare la velocità della scansione personalizzata.