Con el análisis personalizado, McAfee le permite seleccionar diferentes opciones de análisis. De forma predeterminada, cuando ejecuta un análisis personalizado, McAfee comprueba todas las unidades y carpetas del equipo, además de todas las unidades de red. No obstante, puede excluir las unidades de red y analizar únicamente algunas partes del equipo, como los archivos de sistema importantes, el escritorio y los archivos de programa. Es aconsejable realizar esta acción cuando desee analizar áreas específicas en lugar de todas las áreas del equipo.
Con un análisis personalizado, puede comprobar la existencia de todo tipo de amenazas o sólo de amenazas específicas como virus, spyware y cookies de rastreo. También puede analizar únicamente programas y documentos, donde se detectan la mayor parte de los virus, aunque es aconsejable analizar todos los tipos de archivos. Una opción para utilizar una cantidad mínima de la potencia de procesamiento del equipo está activada de forma predeterminada, pero la puede desactivar para aumentar la velocidad del análisis personalizado.