Użytkownik może dostosować opcje filtrowania, jeśli chce bardziej agresywnie filtrować wiadomości, wskazywać elementy, jakie mają być w nich poszukiwane, oraz określać zestawy znaków do zablokowania.
Można ustawić poziom filtrowania, aby kontrolować agresywność filtrowania poczty e-mail. Dostępnych jest pięć poziomów filtrowania: od najmniej do najbardziej agresywnego. Jeśli okaże się, że wiadomości były przetwarzane nieprawidłowo, można zawsze zmienić poziom filtrowania. Jeśli np. spam nie został odfiltrowany (nazywa się to błędami niewykrycia zagrożenia), można ustawić bardziej agresywny poziom filtrowania. Jeśli prawidłowe wiadomości zostały oznaczone jako spam (nazywa się to fałszywymi alarmami), można ustawić mniej agresywny poziom filtrowania. W celu najbardziej agresywnego filtrowania należy ustawić poziom Restrykcyjny, przy którym do skrzynki odbiorczej trafiają tylko wiadomości e-mail od nadawców figurujących na liście Lista znajomych oraz wiadomości o rozmiarze większym od określonego (wiadomości należące do spamu są zwykle bardzo małe). Pozostałe wiadomości zostaną odfiltrowane.
Program Anti-Spam umożliwia dostosowanie opcji przetwarzania spamu. Wiadomości e-mail stanowiące spam i umożliwiające ataki typu „phishing” można przenosić do folderu spamu. Można też zmienić domyślny znacznik dodawany do wiersza tematu każdej wiadomości zidentyfikowanej jako spam (znacznik SPAM) lub atak typu „phishing” (znacznik PHISH). Wiadomości e-mail można również filtrować na podstawie ich rozmiarów. Zazwyczaj wiadomości będące spamem są niewielkie, dlatego program Anti-Spam domyślnie filtruje wiadomości mniejsze niż 150 KB.
Można określić częstotliwość aktualizowania reguł filtrowania spamu. Reguły filtrowania spamu są aktualizowane automatycznie w celu filtrowania wiadomości e-mail z zastosowaniem najnowszych reguł. W przypadku dysponowania szybkim łączem sieciowym można zwiększyć częstotliwość aktualizacji w celu uzyskania lepszych efektów.
Podczas analizowania spamu program Anti-Spam może wyszukiwać określone zestawy znaków. Zestaw znaków określa język (w tym alfabet, cyfry oraz znaki specjalne). W przypadku otrzymywania spamu napisanego po grecku, gdy nie są odbierane żadne wiadomości w języku greckim z zaufanych źródeł, można filtrować wszystkie wiadomości z greckim zestawem znaków.
Należy uważać, aby nie filtrować zestawów znaków języków, w których są otrzymywane wiadomości e-mail z zaufanych źródeł. Jeśli na przykład mają być filtrowane wiadomości napisane po włosku i zostanie w tym celu wybrany zestaw znaków Europa Zachodnia (gdyż jest on stosowany dla języka włoskiego), program Anti-Spam będzie filtrować wiadomości we wszystkich językach używających zestawu znaków Europa Zachodnia, czyli także w języku angielskim. Otrzymane z zaufanych źródeł wiadomości w języku angielskim zostaną w takiej sytuacji odfiltrowane jako spam.