W przypadku skanowania niestandardowego w programie firmy McAfee można wybrać różne opcje skanowania. Domyślnie po uruchomieniu przez użytkownika skanowania niestandardowego program firmy McAfee sprawdza wszystkie dyski i foldery na komputerze oraz wszystkie dyski sieciowe. Można jednak wykluczyć dyski sieciowe i skanować tylko część komputera, na przykład krytyczne pliki systemowe, pulpit i pliki programów. Jest to rozwiązanie zalecane, jeśli trzeba przeskanować tyko określone — a nie wszystkie — obszary komputera.
W przypadku skanowania niestandardowego można sprawdzać występowanie wszystkich zagrożeń lub tylko niektórych z nich, np. wirusów, oprogramowania szpiegującego i śledzących plików cookie. Można również wybrać skanowanie samych programów i dokumentów, gdzie wykrywana jest większość wirusów, ale zalecamy skanowanie wszystkich typów plików. Opcja minimalnego korzystania z mocy obliczeniowej komputera jest domyślnie włączona, ale można ją wyłączyć w celu przyspieszenia skanowania niestandardowego.
 | Jeśli uruchomiona zostanie aplikacja działająca w trybie pełnoekranowym, oprogramowanie firmy McAfee automatycznie wstrzymuje zadania, takie jak skanowanie, aby nie zakłócały czynności użytkownika. Zadania te są wznawiane po zamknięciu aplikacji. Przed uruchomieniem skanowania niestandardowego należy wyłączyć wszystkie programy działające w trybie pełnoekranowym, na przykład gry czy odtwarzacze filmów. |